Quantification de l’ARN viral dans les eaux usées : à la recherche des variants

- Date de publication : 09 février 2021
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Mise en place au printemps dernier dans le cadre du réseau Obépine (Observatoire EPIdémiologique daNs les Eaux usées), la quantification de l'ARN du SARS-CoV-2 dans les eaux usées est depuis devenue un paramètre de surveillance de l'évolution de l'épidémie COVID-19.  Désormais, la recherche de variants, connus ou pas, fait l'objet d'analyses par des méthodes spécifiques, en cours de développement.
Un outil qui permet de détecter précocement l'évolution de l'épidémie (illustration).

Un outil qui permet de détecter précocement l'évolution de l'épidémie (illustration).


Indicateur développé depuis mars dernier par le réseau Obépine, "l'évolution de la quantité de virus présent dans les eaux usées des stations d'épuration" a réussi à convaincre et le projet de recherche est désormais soutenu par quatre ministères (Enseignement supérieur, Recherche et Innovation, Solidarités et Santé, Transition Écologique et Intérieur) qui accompagnent sa structuration.
L'Académie de médecine avait confirmé dès juillet 2020 l'intérêt de cette approche et émis plusieurs recommandations, dont vidal.fr s'était fait l'écho.

Que les sujets soient ou non symptomatiques
À la base du projet Obépine : la mesure, à partir d'échantillons de 5 à 10 mL prélevés dans les eaux usées, de la concentration en ARN viral par litre d'eau. Ce paramètre peut varier sous l'influence de facteurs autres que le nombre de sujets infectés, par exemple la dilution des eaux par pluie ou le basculement des flux pour la gestion optimale des réseaux d'eaux usées. Les données brutes sont donc pondérées et ensuite exprimées sous forme de courbes de tendance, analyse appuyée par des modèles mathématiques développés par les équipes de mathématiciens du réseau. Ces dernières donnent un reflet de l'évolution de l'épidémie dans la population, que les sujets soient ou non symptomatiques, car les asymptomatiques aussi peuvent excréter des particules de virus dans les selles. 

Avec un temps d'avance sur d'autres indicateurs
Ce reflet de l'ampleur de l'épidémie se fait avec 1 à 3 semaines d'avance sur d'autres indicateurs, comme le nombre d'hospitalisations ou d'admissions en réanimation, ce qui permet d'anticiper. « L'été dernier, notamment en Île-de-France, la recirculation du virus dans les eaux usées avait été détectée dès la fin du mois de juin, reflétant sa propagation chez les jeunes souvent asymptomatiques, alors que les indicateurs plus classiques (individu-centrés) n'ont commencé à s'élever qu'à la fin du mois de juillet pour les plus précoces » rappelle Vincent Maréchal, professeur de virologie à Sorbonne université et cofondateur du réseau Obépine.
De même, l'impact des mesures prises par les autorités a aussi été observé sur la quantité de virus présents dans les eaux usées. Lors du premier confinement, une chute très importante de la circulation virale a été mise en évidence, baisse qui a été moindre lors du 2e confinement et du couvre-feu.

Des données accessibles sur le site du réseau
« Les courbes de tendance produites par le réseau Obépine collent donc avec l'épidémie, l'indicateur est pertinent, en particulier en cas d'augmentation de la circulation virale lorsque la prévalence est faible » indique Vincent Maréchal. « Si la circulation est déjà très élevée, une petite baisse de la circulation virale est d'interprétation plus difficile, notamment dans de vastes territoires comme l'Île-de-France ». 
Depuis le 25 janvier dernier, les courbes élaborées à partir des prélèvements effectués dans une trentaine de stations d'épuration françaises sont accessibles librement sur le site Obépine. Des données qui peuvent permettre d'améliorer, en prenant en compte tous les indicateurs, le suivi de l'épidémie au niveau de bassins de population et donc d'instaurer, si besoin, des mesures plus ciblées en se saisissant de cet indicateur précoce.

RT-PCR spécifiques et métagénomique pour rechercher les variants
Depuis quelques semaines, la recherche des variants est devenue une priorité. Deux techniques sont développées :
  • les RT-PCR spécifiques de telle ou telle mutation déjà connue, qui ont l'avantage de leur très grande sensibilité,
  • et le séquençage métagénomique, un peu moins sensible mais qui peut permettre de voir apparaître de nouveau variants.

« L'objectif est aussi d'être prédictif, c'est pourquoi nous affinons aujourd'hui les techniques », précise Vincent Maréchal.  
 
Un outil innovant pour suivre la circulation d'autres agents pathogènes
Si Obépine s'est pour l'instant concentré sur le suivi de l'épidémie COVID-19, l'objectif de ce réseau est, à terme, de développer un outil épidémiologique innovant pour suivre, à partir de l'analyse des eaux usées, la circulation de différents agents pathogènes comme les virus grippaux, ceux des gastro-entérites, des bactéries, parasites, etc.
Un outil qui pourrait donc être très utile en cas de futures crises sanitaires.

©vidal.fr
 
Pour en savoir plus
 
 

Sources : VIDAL

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