Cartographier le microbiote des Français, y compris des plus jeunes

Le microbiote intestinal, cet écosystème complexe longtemps laissé-pour-compte, est désormais reconnu comme un acteur majeur de la santé. Composé de plus de 50 000 milliards de bactéries par individu (soit près d’un kilogramme !), il influence la digestion, l’immunité, ou encore le métabolisme. Pourtant, celui que certains caractérisent de « deuxième cerveau », garde encore ses zones d’ombre, particulièrement dans sa diversité au sein de la population française ou dans sa dynamique d’évolution.

Lancé en 2022, le projet « Le French Gut », piloté par l’Institut national de la recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (Inrae) et l’Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP), ambitionne de constituer la plus grande base de données française sur le microbiote. Le but est d’accélérer la recherche pour mieux prévenir et soigner les maladies chroniques.  

Désormais, il s’ouvre aux plus jeunes (de 3 à 17 ans), avec « La French Gut Kids », une extension ambitieuse visant à explorer le microbiote au cours de l’enfance et de l’adolescence, où il se développe et se façonne sous l'influence de multiples facteurs.

Au total, le projet vise à collecter et analyser les échantillons fécaux de 100 000 personnes, dont 10 000 enfants et adolescents, d’ici 2029. Une aventure scientifique d'envergure nationale qui pourrait transformer notre compréhension des maladies chroniques et ouvrir la voie à une médecine préventive personnalisée.

Premiers résultats chez l'adulte

Le projet a déjà atteint la barre des 30 000 adultes volontaires, majoritairement des femmes (69 %) et des personnes âgées de 30 à 70 ans (81 %). Près d'un tiers des participants (29 %) ont déclaré souffrir d'une ou de plusieurs maladies chroniques (hypertension artérielle, pathologies digestives, maladies respiratoires, dépression, endométriose...).

À ce stade, environ 5 000 échantillons ont été séquencés. Les premiers résultats révèlent une association forte entre la présence de symptômes digestifs et l’apparition d’un stress chez les participants avec un score PSS4 (échelle de stress perçu) augmenté.

De l’intérêt du microbiote des jeunes

Si le microbiote adulte commence à livrer ses secrets, celui des plus jeunes reste un continent largement sous-exploré. Se formant dès la naissance, il évolue continuellement au cours de l’enfance et l’adolescence, périodes marquées par d’importantes transitions physiologiques, hormonales, alimentaires et environnementales, pouvant influencer sa composition et sa fonction.

Les objectifs de l’étude sont multiples :

• caractériser la diversité du microbiote intestinal des jeunes Français ;
• étudier l'impact de l'alimentation, du mode de vie et de l'environnement familial ;
• comprendre la transmission verticale des bactéries (de parent à enfant) ;
• explorer les liens potentiels avec des pathologies fréquentes chez l'enfant (asthme, allergies, maladies intestinales).

« Avec Le French Gut Kids, nous franchissons une nouvelle étape : explorer la dynamique du microbiote chez les enfants et adolescents, pour agir plus tôt et mieux sur la santé de demain », explique le Pr Robert Benamouzig, chef du service de gastro-entérologie de l'hôpital Avicenne AP-HP et investigateur coordinateur du projet.

Une démarche participative et pédagogique

La participation à ce projet de sciences participatives est gratuite, non invasive et accessible à tout jeune résidant en France hexagonale, atteint ou non d’une pathologie chronique.

Après s’être inscrit sur le site www.lefrenchgut.fr, un questionnaire sur les habitudes alimentaires et l’état de santé doit être renseigné. Le participant reçoit alors un kit de collecte à son domicile pour renvoyer son échantillon de selles.

Pour les plus jeunes, un kit de communication pédagogique intitulé « Mes microbes du ventre » a été spécialement conçu. Il comprend un podcast en cinq épisodes mettant en scène les bactéries Cocco et Lacto, une vidéo accompagnée d’une brochure explicative et un dispositif interactif numérique. Ces outils seront diffusés dans les établissements accueillant les enfants et adolescents (hôpitaux, établissements scolaires, expositions), ainsi que sur les réseaux sociaux.

Les chercheurs espèrent récolter 10 000 échantillons provenant de cette population pédiatrique, qu’elle soit en bonne santé ou atteinte de pathologies.