La Cour des comptes appelle à mieux prendre en compte l'efficience des nouveaux vaccins dans les recommandations vaccinales

Dans le cadre de l'élaboration des recommandations vaccinales, la Cour des comptes recommande de mieux analyser l'efficience de l'introduction de tout nouveau vaccin au regard d'autres stratégies et propose une réorganisation de la Haute Autorité de santé (HAS) pour y parvenir, dans un rapport sur l'évaluation des politiques de vaccination depuis 2018 rendu public ce 7 septembre 2026.

Dans ce rapport, la Cour relève des avancées importantes mais également des résultats mitigés par rapport à l'élargissement des lieux de vaccination et des vaccinateurs, ainsi qu'un retard préoccupant dans le déploiement du carnet de vaccination électronique.

La politique vaccinale a coûté 1,4 milliard d'euros en 2024, ce qui en fait une intervention de santé publique "relativement peu chère" mais ce coût "augmente rapidement", notamment en raison du déploiement de nouveaux vaccins (+ 70 % depuis 2018 pour l'achat de vaccins), a observé la première présidente de la Cour des comptes, Amélie de Montchalin, lors d'une conférence de presse organisée le 7 septembre à l'hôpital Necker-Enfants malades (AP-HP, Paris).

Néanmoins "l'investissement pour la prévention en vaut la chandelle" car "la vaccination permet non seulement de protéger la population, mais aussi les finances publiques", a-t-elle insisté.

Parmi les effets bénéfiques, la Cour fait état d'une réduction d'environ 80 % des hospitalisations des nourrissons grâce aux nouvelles mesures de prévention de la bronchiolite, lors de leur première saison d'exposition. Selon un modèle de simulation qu'elle a développé, la vaccination contre les rotavirus aurait également permis d'éviter entre 23.000 et 32.000 hospitalisations, même si le taux de couverture de la population, à 55 %, reste trop faible pour produire les bénéfices pleinement attendus.

Enfin, la Cour souligne l'intérêt économique de la vaccination contre la grippe qui, chaque saison, entraîne 2,5 millions de consultations médicales et 9 000 à 10 000 décès. Selon la Caisse nationale de l'assurance maladie (Cnam), la campagne 2017-2018 a coûté 108 millions d'euros (M€) mais aurait réduit les dépenses de soins de 155 M€, même si le taux de couverture des personnes âgées reste bien inférieur à l'objectif de 75 %.

Toutefois, face à l'augmentation du prix des vaccins, la Cour souligne l'importance d'une meilleure prise en compte de l'efficience.

"Il semble qu'une prise en compte insuffisante de l'efficience des vaccins a été parfois observée", notamment par rapport au prix des vaccins ou à la détermination des stratégies vaccinales, a observé Amélie de Montchalin, estimant possible de "mieux s'organiser" et peut-être "mieux négocier le prix d'un certain nombre de vaccins".

La Cour développe deux exemples "révélateurs d'une séquence d'évaluation des vaccins qui n'intègre pas suffisamment l'ensemble des paramètres utiles à la décision (bénéfice individuel, bénéfices collectifs, conséquences sur le système de soins, acceptabilité de la vaccination et efficience), pour la négociation du prix par le CEPS [Comité économique des produits de santé], d'une part, et pour l'énoncé de la recommandation vaccinale, d'autre part".

"L'efficience doit être étudiée avant qu'intervienne la décision publique pour éclairer au mieux les choix entre des stratégies alternatives", insiste-t-elle.

Questionnement autour des vaccins Efluelda, Fluad et Shingrix

La Cour s'étonne tout d'abord des recommandations actuelles des vaccins contre la grippe fortement dosés ou avec adjuvant Efluelda (Sanofi) et Fluad (CSL Seqirus) chez les personnes avec un système immunitaire affaibli, notamment les personnes âgées, observant qu'ils coûtent plus du double des vaccins classiques, pour une efficacité supplémentaire jugée "au mieux modeste", de l'ordre de 15 %, sur les hospitalisations.

S'agissant d'Efluelda, l'évaluation économique réalisée en 2020 concluait au "très faible impact sur les résultats de santé et l'organisation du système de soins [qui] ne permet pas de justifier une telle augmentation des coûts d'acquisition du vaccin" [+197 %], "ce qui implique la nécessité d'une forte baisse du prix revendiqué", rappelle la Cour. Fluad* n'a pas fait l'objet d'un avis d'efficience.

Or, le 10 avril 2025, la HAS a pourtant recommandé d'utiliser préférentiellement les vaccins hautement dosés ou avec un adjuvant pour les personnes de 65 ans et plus, en se fondant à la fois sur une meilleure efficacité constatée dans la majorité des études, un profil de sécurité satisfaisant et l'existence de recommandations similaires à l'étranger.

Quelques jours plus tard, le 15 avril 2025, un nouvel avis d'efficience portant sur le vaccin hautement dosé estimait le surcoût à près de 141 M€, principalement imputable aux coûts d'acquisition des vaccins, non compensés par les économies attendues d'une réduction du nombre d'hospitalisations (- 7 M€) ou des consultations médicales (- 584.926 €) pour grippe. Les débats de la commission d'évaluation économique et de santé publique (CEESP) avaient alors notamment porté sur l'opportunité d'affecter 241,5 M€ (effet budgétaire attendu de l'introduction du vaccin sur trois ans) à des "stratégies alternatives qui augmenteraient la couverture vaccinale ou la protection de la population, telle que la vaccination des enfants recommandée par la HAS".

La Cour mentionne également le cas du vaccin contre le zona Shingrix (GSK), identifié par la Commission des comptes de la sécurité sociale comme l'un des médicaments contribuant le plus à la croissance des dépenses. "Au regard des enjeux financiers associés à ce vaccin, et notamment de 'l'engouement continu depuis son lancement en France', il est regrettable que la recommandation vaccinale n'ait pas intégré les résultats de l'évaluation médico-économique fournie par l'industriel à la CEESP", note la Cour.

Une seule commission au sein de la HAS

C'est une question de stratégie "globale", a souligné Bernard Lejeune, président de la sixième chambre de la Cour des comptes, lors de la conférence de presse. "Avec une somme donnée, est-ce que je vise un vaccin particulier ? Est-ce qu'il est efficace, efficient ? Est-ce qu'il m'apporte une protection ou est-ce qu'avec cet argent, je ne peux pas faire mieux sur une autre population, avec un autre type de vaccin ?"

Une des recommandations de la Cour des comptes vise donc à abandonner l'approche séquentielle actuelle des différentes commissions de la HAS.

"Afin d'éviter d'éventuelles divergences d'appréciation entre les différentes commissions appelées à se prononcer, l'une sur une stratégie vaccinale, l'autre sur l'intérêt médical individuel du vaccin et la troisième sur son efficience, le processus d'intégration de l'évaluation des vaccins au sein de la HAS doit être poursuivi, en permettant à une seule commission de rendre un avis sur le remboursement d'un vaccin, sur son efficience et sur la place à lui réserver dans la stratégie vaccinale."

Elle appelle donc à procéder à ce regroupement d'ici à la fin de 2027.

"La communication sera clarifiée, sans décalage de publication avec la recommandation vaccinale et les avis sur le vaccin, défaut actuel qui peut contribuer à des confusions, voire au renforcement de l'hésitation vaccinale", estime la Cour.

Elle reconnaît que cette nouvelle organisation peut nécessiter de mobiliser des moyens supplémentaires pour la HAS, mais estime que des économies peuvent être "attendues en contrepartie". En effet, "le CEPS disposerait ainsi d'éléments complémentaires dans sa négociation avec l'industriel, ce qui pourrait lui permettre d'obtenir des prix moins élevés pour les vaccins considérés", fait-elle valoir.

Évaluer la pertinence en vie réelle dès 2026

Pour la Cour des comptes, le recueil et l'examen des données de vie réelle sont par ailleurs "nécessaires pour vérifier que les conditions posées initialement à cette efficience sont bien réunies et qu'un usage alternatif des ressources n'est pas plus opportun et pour permettre l'adaptation des recommandations vaccinales si nécessaire".

Elle recommande donc d'évaluer la pertinence (efficacité, sécurité, efficience) en vie réelle de tout vaccin en matière de santé individuelle et collective de la population dès 2026.

D'après une dépêche publiée par APMnews le 7 septembre 2026.