La Cour des comptes pointe un retard préoccupant dans le déploiement du carnet de vaccination électronique

La France ne dispose toujours pas d'un carnet de vaccination numérique complet et accessible, ce qui conduit à une connaissance insuffisante de la situation vaccinale individuelle et collective, a déploré la Cour des comptes dans un rapport rendu public le 7 septembre 2026.

Dans ce rapport, les magistrats financiers ont évalué la politique de vaccination depuis 2018, pointant des résultats mitigés de l'élargissement des lieux de vaccination et des vaccinateurs et appelant à une meilleure prise en compte de l'efficience dans le cadre de l'élaboration des recommandations vaccinales.

Ils se sont toutefois heurtés à des difficultés quand ils ont voulu mesurer la couverture vaccinale, qu'ils ont dû estimer à partir d'hypothèses.

La Cour pointe en effet de "nombreuses lacunes" par rapport à la connaissance du statut vaccinal de chaque assuré et au calcul des taux de couverture vaccinale au niveau collectif en raison d'outils dématérialisés encore peu utilisés.

Depuis juin 2020, un carnet de vaccination électronique a été intégré au dossier médical partagé (DMP), mais il n'en est encore "qu'à ses balbutiements".

Ne pas avoir un carnet de vaccination électronique "à jour" est un "obstacle majeur" pour la protection individuelle, mais aussi pour la protection collective, a observé la première présidente de la Cour des comptes, Amélie de Montchalin, lors d'une conférence de presse organisée le 7 septembre à l'hôpital Necker-Enfants malades (AP-HP, Paris) pour présenter le rapport. Pour elle, le fait de ne pas connaître le statut vaccinal de la population en général ou des individus en particulier constitue un "élément de fragilité" en cas d'épidémie.

Actuellement, le carnet de vaccination électronique est essentiellement alimenté par les pharmaciens d'officine, auxquels la faculté de vacciner les adultes a été ouverte en 2021.

Saisie des notes de vaccination par les pharmaciens essentiellement

Du 1ᵉʳ janvier 2024 à octobre 2025, 12,8 millions de notes de vaccination, majoritairement contre la grippe et le Covid-19, ont été versées dans le DMP, dont près de 94 % provenaient des pharmaciens, "leurs logiciels de gestion ayant été équipés d'interfaces de saisie de ces notes". Cette saisie possible ne garantit toutefois pas une alimentation systématique. Ainsi, en novembre 2025, 20 % des vaccinations réalisées par un pharmacien n'ont pas donné lieu au versement de la note dans le DMP.

En ville, pour les autres professionnels de santé concernés (médecins, infirmiers et sages-femmes), le versement d'une note de vaccination est possible, mais nécessite d'utiliser l'accès professionnel du DMP, en doublon des éléments saisis dans leur logiciel de gestion.

Parmi les DMP activés, seulement 11 % étaient alimentés par une note de vaccination au 31 octobre 2025, note la Cour, en rappelant que l'évolution des logiciels "métiers" des professionnels médicaux et paramédicaux en ville est envisagée par la Caisse nationale de l'assurance maladie (Cnam) et par le ministère de la santé, à horizon 2027 et 2028.

Par ailleurs, à ce jour, les informations concernant les vaccinations réalisées par les services de la protection maternelle et infantile (PMI), les services de santé au travail et de santé universitaire, les centres de vaccination (dont certains réalisent les vaccinations dans les collèges, notamment) ne sont pas versées dans le DMP. Les informations recueillies par les services de santé scolaire, qui vérifient régulièrement le statut vaccinal des élèves, ne le sont pas non plus.

Enfin, les bénéficiaires de l'aide médicale de l'État (AME) ne peuvent se voir créer un DMP alors que "les étrangers nouvellement arrivés sur le territoire, surtout quand ils sont issus de pays de forte endémicité ou quand ils n'ont pas été vaccinés dans leur pays d'origine, constituent l'un des publics ciblés par la politique vaccinale". Aujourd'hui, une solution papier ou dématérialisée est utilisée afin d'assurer la coordination entre les professionnels qui réalisent les rattrapages vaccinaux et les éventuels rappels.

Élaborer une stratégie de reprise de l'historique de vaccinations

La Cour recommande donc d'alimenter le DMP et le système national des données de santé (SNDS) avec les données issues de l'activité de l'ensemble des vaccinateurs d'ici à la fin de 2028.

Quant à l'historique des vaccinations, il est "essentiellement réalisé, encore aujourd'hui, sur un support papier ou au travers de solutions numériques privées", comme mesvaccins.net, "qui ont pallié l'absence d'outil public, pourtant inscrit depuis plus de 15 ans dans différentes stratégies ministérielles".

La reprise des informations d'antériorité des vaccinations, par exemple par des solutions d'intelligence artificielle (grâce à des photos de carnets), "ne figure dans aucune feuille de route" concernant le carnet de vaccination électronique, "ce qui laisse craindre un long délai de mise en œuvre".

La Cour recommande d'élaborer une stratégie de reprise de l'historique de vaccinations. L'antériorité des vaccins délivrés consignés dans le dossier pharmaceutique pourrait permettre de réaliser une partie de ce rattrapage, note-t-elle.

Une fourchette de résultats pour estimer la couverture vaccinale

Actuellement, les couvertures vaccinales sont donc calculées à partir de données parcellaires issues de plusieurs types de sources, qui ne se combinent pas.

La Cour mentionne d'une part le système d'information de l'assurance maladie (système national d'information interrégimes de l'assurance maladie - Sniiram), principale composante du SNDS, mais sans les vaccinations réalisées par les services de médecine du travail, la médecine universitaire et les établissements de santé, sauf exceptions.

Elle évoque également un mélange des données d'achats de vaccins enregistrées dans le SNDS pour les nouveau-nés (mais sans les PMI, ces centres de protection maternelle et infantile) et des données issues des certificats de santé du 24ᵉ mois.

Face à ces limites, "l'atteinte des objectifs de couverture vaccinale ne peut s'apprécier qu'au travers d'une 'fourchette' de résultats, sans identification immédiate et fiable des populations sous-vaccinées", déplorent les magistrats financiers.

C'est un des "points d'échec" de la connaissance vaccinale, a pointé Bernard Lejeune, président de la sixième chambre de la Cour des comptes, lors de la conférence de presse. Pourtant, la France a montré qu'elle était "capable" d'avoir une bonne connaissance du statut vaccinal lors de l'épidémie de Covid-19, avec l'outil "Vaccin Covid" car elle a su mettre en place rapidement et "de façon remarquable" un système de suivi des vaccinations, a-t-il ajouté.

Cet outil a permis à Santé publique France (SPF) de publier des données au jour le jour, pour différents niveaux géographiques, pour toutes les catégories de la population cible (qui s'est élargie progressivement jusqu'à atteindre toute la population) et pour l'ensemble des étapes du schéma vaccinal (première dose et rappels), rappelle la Cour.

D'après une dépêche publiée par APMnews le 7 septembre 2026.