Infections à C. difficile: la sous-utilisation de la transplantation de microbiote fécal entraîne une perte de chance majeure

Malgré son bénéfice thérapeutique bien établi, la transplantation de microbiote fécal reste sous-utilisée chez les patients atteints d'une infection à Clostridioides difficile pourtant éligibles, ce qui est associé à une perte de chance majeure, selon une étude lyonnaise présentée le 20 mars 2026 aux Journées francophones d'hépato-gastro-entérologie et d'oncologie digestive (JFHOD), organisées à Paris jusqu'au 22 mars.

La transplantation de microbiote fécal constitue le traitement le plus efficace des infections multirécidivantes à C. difficile (120.000 cas et 4.000 décès par an en Europe), principale cause de diarrhées postantibiothérapie, a rappelé Colline Brasseur en présentant son travail de thèse mené aux Hospices civils de Lyon (HCL). Elle fonctionne dans 80% à 90% des cas et génère moins de 1% d'évènements indésirables graves.

Outre cette indication formelle à partir de la deuxième récidive, elle peut également être envisagée pour des indications émergentes, notamment les formes sévères réfractaires ou dès la première récidive chez les patients à haut risque, a-t-elle ajouté.

Colline Brasseur a mené avec ses collègues une étude rétrospective dans 12 sites des HCL pour évaluer le recours à la transplantation de microbiote fécal chez les adultes ayant présenté au moins un épisode d'infection à C. difficile confirmé microbiologiquement et éligibles, entre le 1ᵉʳ août 2018 et le 30 mai 2023. Ils ont ensuite regardé son efficacité.

Sur les 1.573 patients inclus, la transplantation de microbiote fécal était recommandée pour 106 patients présentant des infections multirécidivantes (6,7%), mais seulement 29 d'entre eux (27,4%) ont effectivement reçu ce traitement, malgré sa disponibilité auprès des centres.

En tenant compte des indications émergentes, 166 patients supplémentaires (10,6%) étaient éligibles, dont 46 avec une infection sévère réfractaire (2,9%) et 120 patients à haut risque présentant une seule récidive associée à un épisode actuel ou antérieur d'infection sévère non réfractaire (8,5%). Trois transplantations de microbiote fécal ont été réalisées chez ces patients.

Pour l'indication formelle, une analyse de l'efficacité montre pourtant que sur les 29 patients ayant reçu une transplantation fécale, seuls quatre ont récidivé à moins de 12 semaines (13,8%) et aucun n'est décédé, alors que chez les 77 patients n'en ayant pas bénéficié, un quart ont eu une récidive et 18,2% sont décédés.

Une analyse ajustée par score de propension montre un effet protecteur significatif de la transplantation de microbiote fécal sur la mortalité à 12 semaines et à un an et une tendance forte pour la prévention de la récidive.

La sous-utilisation de ce traitement semble donc associée à des issues défavorables possiblement évitables, en particulier chez les patients fragiles, comorbides ou âgés, pour lesquels il faudrait proposer un accès précoce à la transplantation de microbiote fécal (dès la première récidive), a insisté Colline Brasseur.

Une communication à améliorer auprès des praticiens

Si peu de patients éligibles pour les différentes indications ont pu bénéficier d'une transplantation de microbiote fécal, cela s'explique principalement par "une problématique d'adressage et de sensibilisation aux indications", a observé Colline Brasseur.

Pour elle, "une meilleure sensibilisation des cliniciens et une intégration renforcée de la transplantation de microbiote fécal dans les parcours de soins" sont nécessaires pour améliorer le pronostic, en particulier à la lumière des indications élargies récemment proposées pour les patients atteints d'infection à C. difficile (cf. Vidéo de VIDAL du 3 octobre 2023).

Lors d'une conférence de presse organisée jeudi, Nicolas Benech, infectiologue et gastro-entérologue aux HCL qui a encadré ce travail de thèse, a évoqué comme frein principal à la transplantation de microbiote fécal la méconnaissance dans certains services et une appréhension par des médecins la jugeant "quand même bizarre [et] un peu expérimentale".

Or, la transplantation de microbiote fécal pour restaurer un microbiote altéré (par gélules, lavements ou sondes) fait partie depuis 10 ans des soins courants dans les infections à C. difficile, "vrai problème de santé publique", a-t-il insisté.

De plus, il y a suffisamment de donneurs pour pouvoir en faire bénéficier les 10% environ de patients éligibles, a-t-il observé.

Face à cette sous-utilisation, un travail a été mené dans la région lyonnaise au cours des dernières années auprès des infectiologues et des gastro-entérologues pour augmenter les indications et les adressages vers les centres référents et cela a déjà amélioré la situation, a relaté le praticien.

Il a par ailleurs rappelé que des recherches sont actuellement menées pour élargir ce traitement à d'autres indications comme la maladie du greffon contre l'hôte (GVH) digestive, les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (Mici), le syndrome de l'intestin irritable (SII) ou bien en traitement adjuvant à l'immunothérapie et pour la décolonisation en cas d'infections par des bactéries multirésistantes.

Toutefois pour les Mici et le SII, qui sont des maladies chroniques, Nicolas Benech a observé que cela supposerait des traitements chroniques et donc une production bien plus importante de transplants que ce qui est actuellement disponible.

D'après une dépêche publiée dans APMnews le 20 mars 2026.