Renforcement des mesures pour freiner la propagation des variants du SARS-CoV-2

- Date de publication : 09 février 2021
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La Direction générale de la Santé (DGS) a fait évoluer la stratégie de dépistage de la COVID-19 et les règles d'isolement, afin de freiner la propagation des variants britannique, sud-africain et brésilien du SARS-CoV-2.

Ces variants sont caractérisées par une contagiosité accrue et, pour les variants sud-africain et brésilien, par un risque d'échappement immunitaire et vaccinal.

Concernant la stratégie de test, les nouvelles consignes en vigueur au 7 février 2021 prévoient : 
  • une RT-PCR de criblage (test permettant d'identifier un variant du SARS-CoV-2) en seconde intention chez tous les patients ayant un résultat de test positif (PCR ou antigénique), dans un délai de 36 heures maximum ; 
  • le maintien des opérations de tracing (enregistrement dans SI-DEP) et d'isolement dès le résultat du premier test, sans attendre de savoir s'il s'agit d'un variant ;
  • en présence d'un variant du SARS-CoV-2, le tracing doit s'appliquer à une population élargie : personnes contact, mais également aux contacts de seconde génération. 

Pour les patients COVID-19 positifs porteurs d'un variant sud-africain ou brésilien, la durée d'isolement est portée à 10 jours, au terme desquels un nouveau test doit être réalisé. La levée de l'isolement est conditionnée à l'obtention d'un test négatif. En cas de résultat positif, l'isolement est prolongé de 7 jours. 
La stratégie de dépistage de la COVID-19 est renforcée pour identifier les variants d'intérêt du SARS-CoV-2 sur le territoire français (illustration).

La stratégie de dépistage de la COVID-19 est renforcée pour identifier les variants d'intérêt du SARS-CoV-2 sur le territoire français (illustration).


Une nouvelle stratégie de test COVID-19 et d'isolement des sujets positifs est en vigueur depuis le 7 février 2021 pour faire face à la progression des variants d'intérêt du SARS-CoV-2 sur le territoire français (cf. Encadré 1). 

Les nouvelles consignes ont fait l'objet d'un message DGS-Urgent le 7 février 2021 auprès des professionnels de santé. Elles sont décrites dans une fiche pratique mise en ligne sur le site du ministère de la Santé
 
Encadré 1 - Variants d'intérêt du SARS-CoV-2 identifiées en France (7 février 2021)
  • Variant 20I/501Y.V1, britannique : dominant en France ;
  • variant 20H/501Y.V2, sud-africain : circulation minoritaire mais risque d'échappement immunitaire et vaccinal ; 
  • variant 20J/501Y.V3, brésilien : circulation minoritaire mais risque d'échappement immunitaire et vaccinal.
Par rapport au virus SARS-CoV-2 circulant majoritairement en France, ces variants sont caractérisés par une contagiosité accrue.

Obligation d'une RT-PCR de criblage pour tous résultats positifs
Les nouvelles mesures imposent de soumettre tous les patients ayant un résultat positif au test COVID-19, qu'il s'agisse d'un test PCR ou d'un test antigénique rapide, à une RT-PCR de criblage (cf. Encadré 2). 

 
Encadré 2 - Modalités pour la réalisation des RT-PCR de criblage de seconde intention
Recommandations en vigueur au 8 février 2021 consistent à n'utiliser que les kits RT-PCR :
  • ayant 2 cibles dont au moins la mutation N501Y, commune aux 3 variants d'intérêt actuellement circulantes, 
et
  • permettant de distinguer le variant 20I/501Y.V1 (britannique) d'une part et les variants 20H/501Y.V2 (sud-africain) et 20J/501Y.V3 (brésilien) d'autre part. 
La liste des kits RT-PCR de criblage est disponible sur le site du ministère de la Santé

Évolutions en perspectives : 
  • travaux en cours pour permettre l'utilisation et la généralisation de ces kits en première intention pour le diagnostic primaire ;
  • développement de kits ciblant de nouveaux variants d'intérêt potentielles et en premier lieu la mutation 484K, responsable du risque d'échappement immunitaire. Ces kits seront déployés et généralisés dès qu'ils seront disponibles.

Ce test de seconde intention doit être réalisé dans un délai de 36 heures maximum. 

Cette stratégie vise à : 
  • identifier les patients COVID-19 porteurs d'un variant de SARS-CoV-2 ; 
  • renforcer les mesures d'isolement et de contact tracing autour de ces cas. 

Transmission des résultats du test de criblage aux patients
Deux situations sont possibles : 
  • si le test initial est un test RT-PCR réalisé en laboratoire d'analyse de biologie médicale : après avoir reçu les résultats par le laboratoire qui réalise le test de criblage, le laboratoire ayant réalisé le test de première intention doit signaler à la personne contaminée qu'elle est porteuse d'un variant et préciser de quel variant il s'agit ;
  • si le test initial est un test antigénique réalisé en ville : le résultat du test de criblage est transmis par le laboratoire dans lequel le prélèvement pour la RT-PCR de seconde intention a été réalisé. 

Le test antigénique rapide reste un outil pertinent dans la stratégie de dépistage
Selon cette nouvelle stratégie, la recherche des variants d'intérêt est étendue aux tests antigéniques rapides réalisés en ville. 
La DGS souligne que le diagnostic par test antigénique reste un outil pertinent dans la stratégie de lutte contre l'épidémie. 

En pratique, lorsque le test antigénique est réalisé par un professionnel de santé de ville (médecin, pharmacien, infirmier, sage-femme, masseur-kinésithérapeute) et que ce test se révèle positif, le patient doit être orienté dans un délai de 36 heures vers un laboratoire d'analyse de biologie médicale ou bénéficier d'un prélèvement nasopharyngé à domicile en vue d'une RT-PCR de criblage. 

Toute personne répondant à un des critères suivants doit d'emblée bénéficier d'un test RT-PCR : 
  • personnes de retour de voyage,
  • personnes en lien avec une personne ayant voyagé récemment,
  • personnes vivant dans une zone où une augmentation brusque de l'incidence est observée.
 
Modalités de traçabilité des cas contacts de porteurs de variants : introduction des notions de contact warning et de contact de seconde génération
Selon la stratégie applicable à partir du 7 février 2021, les modalités de recherche et de tracing des chaînes de transmission sont les suivantes :
  • pour les trois variants d'intérêt : déclaration dans le système d'information SI-DEP des cas positifs dès la réception du résultat du test PCR ou antigénique de première intention sans attendre les résultats de la RT-PCR de criblage ;
  • intégration des résultats du test de criblage dans SI-DEP (cf. Encadré 3), afin de préciser le variant identifié ;

Encadré 3 - Transmission de l'information entre le laboratoire réalisant le
criblage, l'Assurance maladie et l'ARS
Lorsque le résultat de la RT-PCR de criblage est saisi dans SI-DEP, les enquêteurs des plateformes de l'Assurance maladie reçoivent l'information via ce canal.
Ils saisissent le nom du variant dans la fiche P0 de Contact-Covid, l'outil pour le contact tracing, ce qui implique alors, pour les variants 20H/501Y.V2 ou 20J/501Y.V3, un renvoi vers les ARS et un suivi particulier de l'isolement.
 
  • information des cas contacts via le dispositif contact tracing, par mail ou SMS ; 
  • information par les personnes contact elles-mêmes (personnes à risque identifiées autour des porteurs de variants d'intérêt = contact-warning) des personnes avec qui elles ont été en contact à risque depuis leur dernière exposition à risque avec le cas index (contacts de seconde génération) [cf. Encadré 4].

Encadré 4 - Mesures recommandées pour les contacts de seconde génération (contact de contact)
  • Renforcer l'application des mesures barrières : port d'un masque grand public de filtration supérieure à 90 % ou d'un masque chirurgical en présence d'autres personnes. 
  • Télétravailler dès lors que cela est possible.
  • Réduire volontairement ses contacts sociaux durant les 7 jours suivants.
  • Réaliser un test diagnostic sans délai au 1er symptôme.
 
Un dispositif de traçabilité et dépistage renforcé pour les contacts de patients porteurs des variants sud-africain et brésilien
Les contacts des personnes porteuses d'un variant sud-africain (20H/501Y.V2) ou brésilien (20J/501Y.V3) doivent bénéficier d'un test PCR à J0 (dès son identification) afin de démarrer sans délai les opérations de contact-tracing :
  • si résultat positif : RT-PCR de criblage de seconde intention,
  • si résultat négatif : respecter la période de quarantaine de 7 jours depuis le dernier contact à risque et réaliser un test RT-PCR à J7, à l'issue de cette période.

Isolement des patients : des consignes plus strictes pour les variants sud-africain et brésilien
Dès la réception du résultat du test de criblage, et si le patient s'avère contaminé par les variants d'intérêt sud-africaine et brésilienne, les mesures suivantes doivent être appliquées :
  • durée d'isolement portée à 10 jours (contre 7 pour le variant britannique et le virus non variant SARS-CoV-2) ; 
  • à l'issue de la période de 10 jours d'isolement, pour les personnes ne présentant plus de symptômes (absence de fièvre depuis plus de 48 heures avant la fin de cette période), réalisation obligatoire d'un test :
    • si le test est négatif, l'isolement est levé, 
    • si le test est positif, l'isolement est prolongé de 7 jours supplémentaires après ce résultat. 
Pour aller plus loin
DGS-Urgent n°2021_12 : stratégie de freinage de la propagation des variantes du SARS-CoV-2 : renforcement spécifique sur les variantes d'intérêt 20H/501Y.V2 et 20J/501Y.V3 (DGS, 7 février 2021)
Fiche pratique : stratégie nationale de lutte contre l'émergence des variants d'intérêt du SARS-CoV2 (ministère de la Santé, 7 février 2021)

 

Sources : Ministère des Solidarités et de la Santé , DGS

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