Tests de dépistage covid 19 : que peuvent-ils dire ? Que peut-on en attendre ?

- Date de publication : 27 Novembre 2020
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Mesvaccins.net

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Alors que l'épidémie de covid 19 se poursuit, continue de menacer notre santé et de peser lourdement sur nos activités, le dépistage de l'infection est mis en avant comme l'une des mesures susceptibles de freiner la diffusion du virus et de nous rapprocher d'une sortie de crise.

Diagnostic et dépistage sont deux facettes d'un même processus. Là où le diagnostic cherche l'explication d'une maladie déclarée, le dépistage cherche à détecter la possibilité de survenue de la maladie et des ses formes graves, avec un objectif de prévention individuelle ou de santé publique et, dans le cas d'une maladie transmissible, à détecter la présence de l'agent infectieux pour en éviter la transmission. Les moyens utilisés pour parvenir à l'un ou l'autre objectif sont souvent de même nature, sinon identiques. Les exigences sur les caractéristiques des tests (sensibilité, spécificité, acceptabilité, accessibilité, rapidité d'exécution et de résultat, coût) peuvent toutefois différer selon l'utilisation. Dans le cas de la covid 19, ces tests visent à mettre en évidence le SARS-CoV-2 lui-même ou la "trace" qu'il laisse chez les personnes infectées, en général des anticorps. Il existe d'autres moyens de parvenir au diagnostic, par la mise en évidence de signes, cliniques ou radiologiques, ou de perturbations biologiques spécifiques de la maladie, mais on considère raisonnablement que seule la présence du virus au niveau des voies respiratoires est à prendre en compte pour prendre les mesures d'isolement ou de protection aptes à empêcher la transmission.

On a souhaité étendre le dépistage, le rendre largement accessible, en l'associant à d'autres mesures, dans le but de contrôler l'évolution de l'épidémie et de parvenir à son extinction. Il est nécessaire pour cela qu'il soit bien compris, bien réalisé, et qu'il débouche sur des conduites adéquates.

Qu'attend-on du dépistage ?

Il concerne des personnes en bonne santé (asymptomatiques) ou présentant des signes de ce qui pourrait être une covid 19 (symptomatiques). Au niveau individuel, le dépistage peut rassurer au sortir de circonstances propices à une contamination. S'il est positif, il permettra l'orientation vers une prise en charge adaptée, fonction de la présence ou non de symptômes, de facteurs de risque associés (grand âge, pathologies pré-existantes). Selon le type de test effectué en première intention, la réalisation d'un test de confirmation plus performant pourra être nécessaire.

Le dépistage a également un intérêt pour la collectivité, puisqu'il doit servir à interrompre la transmission du SARS-CoV-2. Il vise alors à détecter tous les porteurs de virus, symptomatiques non encore pris en charge et surtout asymptomatiques, susceptibles de contaminer les personnes avec lesquelles ils rentrent en contact. Sont bien sûr concernés les professionnels de santé, les personnes vivant ou travaillant au contact de personnes fragiles, les candidats au voyage, les personnes dans l'impossibilité de respecter les procédures physiques de protection (masque, distanciation) comme les sportifs. Un dépistage en population générale, proposé en France sur volontariat, permet d'accroitre la portée de la mesure. Encore faut-il savoir utiliser les résultats et appliquer ensuite les mesures appropriées.

Que peuvent indiquer les tests ?

Les tests sérologiques, classiquement effectués sur des prélèvements de sang (une goutte prise au bout du doigt peut suffire ; certains anticorps - IgA - pourraient être recherchés dans la salive), mettent en évidence les anticorps produits contre le virus chez les personnes infectées, qu'elles présentent ou non des symptômes. Les premiers anticorps n'apparaissent que 3 à 7 jours après le début de l'infection, leur taux n'augmente ensuite que lentement, pour atteindre un niveau d'autant plus élevé que l'infection produit une maladie grave. Cette "cinétique" fait qu'ils peuvent rester indétectables, au moins pour des tests assez peu sensibles tels que les tests dits "rapides", pendant 2 ou 3 semaines après le début de l'infection, période pendant laquelle la transmission de virus est possible. On comprend donc que les tests sérologiques ont peu d'intérêt s'il s'agit d'éviter qu'un porteur de virus le transmette à ses contacts.

Seuls les tests qui détectent directement la présence de virus peuvent être utilisés pour cela. Il s'agit des tests qui détectent le génome viral (l'ARN), grâce à une réaction appelée RT-PCR (transcription inverse suivie d'amplification), ou de ceux qui détectent les antigènes du virus (ses protéines ; on parle d'antigène parce qu'ils sont mis en évidence grâce à des anticorps utilisés comme réactifs). Les deux types de test sont réalisés sur un prélèvement effectué là où du virus est susceptible de se trouver en grande quantité et où sa présence signifie un risque de transmission : il s'agit dans le cas du SARS-CoV-2 de la muqueuse située à l'arrière des fosses nasales. Une confusion est souvent faite dans les médias entre "test" et "prélèvement" pour le dépistage, mais on pourrait parfaitement effectuer les deux types de test sur d'autres prélèvements, comme du sang ou de la salive. Toutefois, le SARS-CoV-2 est peu abondant dans le sang, et une prise de sang est un acte plus compliqué à organiser et éventuellement moins bien accepté qu'un écouvillonnage naso-pharyngé. Quant à la salive, son prélèvement serait moins pénible que l'écouvillonnage, mais elle ne permet pas à ce jour d'atteindre une sensibilité suffisante.

La sensibilité (capacité du test à détecter de faibles quantités de virus) et la spécificité (sa capacité à indiquer uniquement la présence du SARS-CoV-2) sont les qualités fondamentales des tests, elles doivent être connues pour une bonne interprétation des résultats. Bien mise au point, la RT-PCR est une méthode extrêmement sensible et spécifique : le test RT-PCR effectué sur prélèvement (écouvillonnage) naso-pharyngé est donc aujourd'hui la méthode la plus fiable, celle qui utilisée sera le cas échéant lorsqu'une confirmation du résultat d'un autre test sera attendue. Elle peut toutefois rester négative dans quelques cas malgré l'infection : le prélèvement a pu être réalisé alors qu'il n'y avait pas assez de virus au niveau du nez, il a pu être mal effectué (écouvillon qui n'atteint pas le paroi postérieure du rhinopharynx), mal ou trop longtemps conservé, des produits empêchant le bon déroulement de la RT-PCR ont pu être entrainés (ils sont en principe détectés lors de la réaction). A l'inverse, la RT-PCR peut donner un résultat "faux positif", le plus souvent en cas de contamination du prélèvement par de l'ARN viral venu d'une autre réaction (là encore, des procédures très strictes limitent le risque). Sa sensibilité est telle qu'elle peut détecter des traces d'ARN viral alors qu'il ne reste plus de virus infectieux dans l'organisme.

Les tests RT-PCR nécessitent un équipement sophistiqué et en principe une bonne expérience, même s'ils sont de plus en plus simples à mettre en œuvre. Leur coût reste relativement élevé, mais surtout, étant réalisés dans des laboratoires, ils imposent souvent des délais importants, de l'ordre de 24 ou 48 heures.

Les tests dits "antigéniques" (de détection d'antigène) sont de réalisation plus simple. Après écouvillonnage naso-pharyngé (on n'y échappe pas !), le matériel prélevé est déposé sur une bandelette et des anticorps signalent la présence des protéines virales en une vingtaine de minutes. Ces tests sont accessibles à tous, même sans ordonnance, ils peuvent être réalisés par les pharmaciens, les infirmiers, les médecins. Ils ont une bonne spécificité, mais leur sensibilité est de l'ordre de 70 à 80 %, très inférieure à celle de la RT-PCR. La possibilité de faux négatifs est donc élevée, ce qui a plusieurs conséquences :

  • Si le test est positif, il indique la présence de virus en grande quantité et impose des mesures d'isolement et de protection pendant au moins 7 jours.
  • Si le test est négatif chez une personne symptomatique, ou âgée de plus de 65 ans, ou fragilisée par une autre pathologie, un test RT-PCR doit être effectué.
  • Un test négatif n'exclut pas la possibilité d'une infection et donc un risque de transmission du virus et peut-être de maladie à venir.

Que peut apporter le dépistage étendu ?

Bien réalisée et suivi d'effet, la détection des porteurs de virus offre à coup sûr une possibilité d'interrompre la transmission, dans l'attente des vaccins qui vont nous protéger de l'infection ou au moins de la maladie. Les performances des tests disponibles imposent toutefois le respect de certaines règles :

  • Les personnes trouvées positives non hospitalisées doivent s'imposer les mesures nécessaires pour ne pas transmettre le virus. La durée d'isolement est de 7 jours à compter de la date du test positif, prolongée de 7 jours depuis la date d'apparition de symptômes s'il y a lieu (dans ce cas, un traitement peut être envisagé). En cas de fièvre au 7ème jour, l'isolement doit être maintenu jusqu'à 48 heures après la fin de la fièvre. La recherche des personnes contact doit être effectuée. L'actualité fait état de mesures de contrôle envisagées par les autorités.
  • En cas de test RT-PCR négatif chez une personne à risque 7 jours après le dernier contact avec un cas positif, la durée de la quarantaine est également de 7 jours.
  • Quel que soit le test effectué, un résultat négatif ne dispense pas des mesures de protection, particulièrement vis-à-vis des personnes fragiles (distance de sécurité et masque). En effet, la négativité ne vaut que pour le moment où le prélèvement a été effectué ; il peut s'agir d'une fausse négativité (tests antigéniques), ou une contamination et une multiplication du virus ont pu se produire après le prélèvement.

Les tests de dépistage ne peuvent en aucun cas se substituer aux gestes barrière et ne permettront pas de s'en abstenir durant les fêtes de fin d'année.

Référence

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