eSanté
Nouveau design, nouvelle navigation, contenus enrichis
Désormais disponible sur vidal.fr

SARS-CoV-2 et autres virus respiratoires : dans quels cas prescrire des tests combinés ou conjoints ?

- Date de publication : 22 Octobre 2020
1
2
3
4
5
(aucun avis, cliquez pour noter)
vu par 1 lecteur
La pertinence d'une recherche concomitante des virus responsables des infections respiratoires hivernales a fait l'objet d'un avis de la HAS (Haute autorité de santé) où sont précisés les tests à pratiquer selon les situations.

Les  tableaux cliniques de ces infections étant proches et la période hivernale propice à la co-circulation de plusieurs virus respiratoires (SARS-CoV-2, grippe, VRS, etc.), ces tests permettent d'identifier le virus en cause et d'adapter la prise en charge médicale. 


La recherche de ces virus repose sur la détection du génome viral (ARN) par la méthode RT-PCR, à partir d'un prélèvement nasopharyngé (sauf exception). Dans certaines situations cependant, les tests antigéniques peuvent être utilisés, pour le SARS-CoV-2 et la grippe. 

Des tests combinés multiplex (grippe/SARS-CoV-2/autres virus) ou duplex (grippe/SARS-CoV-2) ou des tests unitaires réalisés simultanément peuvent être utilisés. 

Selon la HAS, la recherche concomitante des virus responsables d'infections hivernales est pertinente chez les patients symptomatiques suivants :
  • adultes hospitalisés ou arrivant aux urgences : pour isoler si nécessaire et définir la prise en charge,
  • résidents en EHPAD et en établissement médico-social : pour isoler si nécessaire, et définir la prise en charge,
  • jeunes enfants : pour éviter un recours inapproprié à l'antibiothérapie.

En dehors de ces populations, seul le test de détection du SARS-CoV-2 est indiqué, afin de lutter contre la propagation du virus. Si les symptômes sont causés par d'autres virus hivernaux, la prise en charge repose sur le traitement symptomatique et le suivi de l'évolution de la maladie. 

 
En période de co-circulation virale, le diagnostic étiologique des infections respiratoires hivernales repose sur la réalisation de tests pour identifier les virus en cause (illustration).

En période de co-circulation virale, le diagnostic étiologique des infections respiratoires hivernales repose sur la réalisation de tests pour identifier les virus en cause (illustration).

 
Dans un contexte de nouvelle flambée épidémique de COVID-19, la HAS a émis un avis relatif à la recherche concomitante des virus responsables des infections respiratoires hivernales, en période de co-circulation virale (grippe, SARS-CoV-2, virus respiratoire syncytial).

Les symptômes de la COVID-19 sont parfois proches de ceux des autres infections respiratoires dont la grippe (fièvre, nez bouché, maux de tête, etc.). Cette similarité clinique rend le diagnostic difficile et impose de disposer d'outils diagnostiques supplémentaires. 

Une co-infection par le virus Influenza A/B et le SARS-CoV-2 est également possible.

Des tests tout en un pour le diagnostic différentiel 
L'identification des virus repose principalement sur la recherche du génome viral (ARN) par la méthode RT-PCR (reverse transcriptase - polymerase chain reaction), sur prélèvement nasopharyngé. Dans certaines situations, le test antigénique (recherche d'antigènes du virus), également pratiqué sur prélèvement nasopharyngé, peut être utilisé.


Pour réaliser cette recherche d'ARN viral, différents dispositifs médicaux peuvent être utilisés :
  • les tests unitaires qui permettent de détecter le génome d'un seul virus, 
  • les tests combinés, multiplex (virus de la grippe, virus SARS-CoV-2, virus respiratoire syncytial) ou duplex (virus de la grippe, virus SARS-CoV-2), qui permettent de détecter simultanément, à partir d'un seul prélèvement, plusieurs agents infectieux.

Un diagnostic différentiel nécessaire pour adapter la prise en charge 
En période de co-circulation virale, le diagnostic différentiel permet de prendre en charge les patients de la façon la plus adaptée :
  • nécessité d'isoler le patient pour éviter la propagation du virus (virus SARS-CoV-2 en population générale, virus de la grippe dans les populations à risque de forme grave) ; 
  • choix thérapeutique : éviter l'utilisation d'antibiotiques en cas d'infection virale.

Pertinence du diagnostic différentiel : populations cibles
Dans son avis du 15 octobre, la HAS précise les population de patients pour lesquelles il est pertinent de réaliser une recherche concomitante des virus de la grippe, du SARS-CoV-2 ou d'autres virus responsables d'infections respiratoires (dont le virus respiratoire syncytial, responsable de la bronchiolite) : 

- adulte symptomatique hospitalisé ou admis aux urgences,
- adulte symptomatique résidant en établissement social ou médico-social (dont les EHPAD),
- enfant symptomatique (cf. Tableau I).
 
Tableau I - Tests recommandés chez les patients adultes symptomatiques
Différentes situations Tests recommandés
Patients hospitalisés Tests RT-PCR COVID-19 et tout autre virus responsable d'infections virales hivernales
À l'arrivée aux urgences Tests RT-PCR COVID-19 et tout autre virus responsable d'infections virales hivernales
Test antigénique COVID-19 possible
Patient en établissements sociaux ou médicosociaux Double test COVID-19 (antigénique ou RT-PCR) et grippe (RT-PCR)

Les tests de détection génomique sont réalisés à partir d'un prélèvement nasopharyngé.
Pour le test RT-PCR de détection du SARS-CoV-2, le prélèvement salivaire est une option chez le patient symptomatique, lorsque le prélèvement nasopharyngé est impossible ou difficile à réaliser.
Le recours aux différents tests est indépendant du statut vaccinal du patient.

 
  • Adulte symptomatique hospitalisé ou admis aux urgences
L'objectif de la détection virale est :
- d'isoler rapidement et correctement le patient si nécessaire ; 
- de mettre en place une prise en charge adaptée. 

La détection virale est indiquée dès l'arrivée à l'hôpital, et repose sur :
- le test RT-PCR de recherche du SARS-CoV-2 et de tout autre virus responsable d'infections virales hivernales (recherche du génome) [cf. Encadré 1], 
- aux urgences, un test antigénique SARS-CoV-2 est possible.

Encadré 1 - Tests de recherche d'ARN pouvant être utilisés chez un patient symptomatique hospitalisé
  • Test multiplex (SARS-CoV-2, grippe, infections respiratoires hivernales)
  • Test multiplex (grippe/infections respiratoires hivernales) + test unitaire SARS-CoV-2
  • Test unitaire grippe + test unitaire SARS-CoV-2
  • Test duplex (grippe/SARS-CoV-2)
 
  • Adulte symptomatique résidant en établissement collectif (établissement social ou médico-social, EHPAD) 
L'identification virale permet :
- d'isoler les cas symptomatiques pour éviter la transmission virale au sein de l'établissement,
- de mettre en place une surveillance étroite de ces patients fragiles.

La détection virale repose sur un double test COVID-19 et grippe, dès la survenue des symptômes :
  • test antigénique ou RT-PCR pour la recherche du SARS-CoV-2, puis, en fonction du résultat : 
    • si un test antigénique SARS-CoV-2 a été pratiqué et que le résultat est  positif : réaliser un test RT-PCR pour la recherche de la grippe ;
    • si un test antigénique SARS-CoV-2 a été pratiqué et que le résultat est  négatif : réaliser un test RT-PCR pour la recherche de la grippe et du SARS-CoV-2 (avec 2 tests unitaires, ou 1 test duplex).
Le test RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé peut être réalisé d'emblée.
 
  • Enfants symptomatiques, quel que soit le lieu de soins
La réalisation d'un test diagnostic est utile chez les enfants présentant une infection respiratoire quel que soit le lieu de soins (à l'hôpital, en structure sociale et en ville).
Le diagnostic différentiel (COVID-19, grippe et autres pathologies respiratoires) vise à éviter le recours inutile aux antibiotiques.

Selon le contexte, la détection virale repose sur (cf. Tableau II) : 

- au cours d'une hospitalisation : des tests RT-PCR à la recherche de tous les virus respiratoires suspectés, avec une attention particulière à porter sur le virus respiratoire syncytial (VRS) responsable de la bronchiolite ;
- aux urgences : le test antigénique pour la recherche du SARS-CoV-2 (à privilégier) ;
- en structure sociale ou médico-sociale : les tests antigéniques de recherche du SARS-CoV-2 et des virus grippaux. Chez les enfants, le test antigénique peut être envisagé pour la recherche du virus grippal (la charge virale est plus élevée que celle observée chez l'adulte, même en cas de symptômes souvent légers) ;
- en ville : les tests antigéniques à la recherche du SARS-CoV-2 et des virus grippaux.
 
Tableau II - Tests recommandés chez les enfants symptomatiques
Différentes situations Tests à réaliser
Enfants hospitalisés Tests RT-PCR pour tous les virus responsables d'infections virales hivernale
À l'arrivée aux urgences Privilégier un test antigénique COVID-19
Enfant en structure sociale ou médicosociale Tests antigéniques COVID-19 et grippe
En ville Tests antigéniques COVID-19 et grippe

La recherche d'antigène des virus de la grippe se déroule idéalement sur le lieu de soins par immunochromatographie (Test Rapide d'Orientation Diagnostique), sinon au laboratoire de biologie médicale par dosage d'immuno-absorption par enzyme liée (enzyme linked immunosorbent assay, ou ELISA).

Pour les autres patients : seul le test SARS-CoV-2 est indiqué
Pour tous les autres patients symptomatiques, selon la HAS, seul le test de détection du SARS-CoV-2 est indiqué (test RT-PCR, ou test antigénique dans les 4 jours suivants le début des symptômes). 
L'identification du virus SARS-CoV-2 permet d'isoler le patient et de briser la chaîne de transmission virale. 

S'il ne s'agit pas du virus SARS-CoV-2 (test négatif), les symptômes sont causés par d'autres virus hivernaux et la prise en charge repose sur le traitement symptomatique et le suivi de l'évolution de la maladie. 


Avis favorable au remboursement des tests de recherche directe des virus des infections respiratoires hivernales 
La HAS donne un avis favorable à l'inscription au remboursement de la détection de l'ARN des virus des infections respiratoires hivernales par technique RT-PCR (service attendu suffisant) en période de co-circulation virale (cf. Encadré 2) :
  • soit comme acte isolé (virus influenza A et B),
  • soit en multiplex avec ou sans la détection du SARS-CoV-2 en période de co- circulation de ces virus.
Lors de la recherche des génomes des virus grippaux et du SARS-CoV-2 par 2 tests distincts, ces derniers doivent être réalisés simultanément et les deux résultats doivent être fournis dans le même temps.

Encadré 2 - Limites des tests de recherche directe des virus grippaux
Les recherches directes des virus grippaux :
  • ne doivent avoir lieu qu'au cours de la période épidémique de grippe saisonnière ;
  • doivent être réalisées avec des tests présentant des performances diagnostiques permettant de limiter au maximum les faux-négatifs et les faux-positifs. Du fait de la prévalence de la grippe qui pourrait être faible à très faible cet hiver, l'attention doit particulièrement porter sur la spécificité du test pour ne pas aboutir à une valeur prédictive positive médiocre.

Pour aller plus loin
Communiqué de presse - Distinguer la grippe de la COVID-19 : dans quelles situations et avec quels tests ? (HAS, 21 octobre 2020)
Avis relatif à l'inscription sur la liste des actes et prestations de la recherche directe des virus des infections respiratoires hivernales (dont les virus Influenza A et B) concomitamment à la recherche directe du virus SARS-CoV-2 sur prélèvement nasopharyngé, en période de co-circulation de ces virus (HAS, 15 octobre 2020)

 

Sources : HAS (Haute Autorité de Santé)

Pour recevoir gratuitement toute l’actualité par mail Je m'abonne !
Presse - CGU - Données personnelles - Mentions légales - Contact webmaster