Quels fluides biologiques abritent le SARS-CoV-2 ?

Par Elisabeth LECA -
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La question du risque de "contagiosité" des fluides biologiques de patients atteints de COVID-19 se pose pour l’ensemble des soignants, amenés à manipuler les patients ou certains de leurs fluides biologiques et, bien évidemment, aussi pour les sujets contacts.
Beaucoup de virus dans les voies aériennes

Beaucoup de virus dans les voies aériennes

Les données concernant la présence de SARS-CoV-2 dans les fluides biologiques sont essentiellement chinoises et semblent s'accorder pour dire que le virus est très présent dans les secrétions des voies aériennes supérieures et inférieures, dans les selles, et beaucoup moins dans les larmes et les urines.

Y a-t-il du virus dans les larmes ?
Une étude menée par des chercheurs de l'hôpital de la province de Hubei, en Chine, a porté sur 38 patients (1). Ces patients, dont 65,8 % étaient de sexe masculin et dont l'âge moyen était de 65,8 ans, avaient tous un tableau clinique évoquant une infection par le SARS-CoV-2.
Parmi ces 38 patients, environ un tiers (32 %) avaient des anomalies oculaires, en particulier une conjonctivite (hyperhémie, œdème, écoulement de larmes, etc.) semblant correspondre à des formes systémiques plus sévères.
La trace virale était présente dans les secrétions nasopharyngées (positives pour SARS-CoV-2 en RT-PCR) de 28 patients (73,7 % de l'ensemble des inclus), représentant 11 des 12 patients ayant  des manifestations oculaires. En revanche, seuls 2 patients (5,2 % de l'ensemble des sujets inclus) étaient positifs dans les secrétions à la fois nasopharyngées et conjonctivales.
Une seconde étude (2), émanant de Singapour, suggère également un risque faible de transmission du SARS-CoV-2 par les larmes.
Les larmes et les secrétions nasopharyngées de 17 patients COVID-19 positifs, dont 1 avaient des symptômes oculaires, ont été prélevées, ce qui représente 64 échantillons de larmes, répartis en 12, 28 et 24 échantillons prélevés, respectivement à la 1re, 2e et 3e semaine après les symptômes initiaux.
Tous les échantillons de larmes étaient négatifs pour le SARS-CoV-2 en rt- RT-PCR (real-time reverse transcriptase–polymerase chain reaction), y compris lorsque les prélèvements nasopharyngés étaient positifs et le sont restés pendant les deux semaines suivant le début des symptômes.
 
Conclusion : ces premières données vont dans le sens d'une faible excrétion virale dans les larmes chez les patients avec atteinte respiratoire haute. D'autres données sur l'association entre charge virale systémique et lacrymale restent cependant nécessaires.
 
Et dans d'autres liquides biologiques ?
Dans trois hôpitaux chinois (provinces de Hubei et Shandong et Pékin), des prélèvements (pharyngés, nasaux et dans les crachats, les selles, le sang, l'urine et dans les sécrétions bronchoalvéolaires en cas de fibroscopie) ont été effectués au cours de la maladie et à son décours (3).
Un total de 1 070 échantillons a été obtenu chez 205 patients, d'âge moyen 44 ans (5-67 ans), majoritairement de sexe masculin (68 %), ayant une forme sévère dans 19 % des cas.
Les taux de positifs pour le SARS-CoV-2 étaient de 93 % dans les prélèvements de lavage bronchoalvéolaire, de 72 % dans les crachats, de 63 % dans les prélèvements nasaux, de 32 % dans les prélèvements pharyngés, de 29 % dans les selles et de 1 % dans le sang. Aucun prélèvement d'urine sur les 72 disponibles n'était positif. L'analyse du nombre de copies d'ARN de SARS-CoV-2 témoignait d'une charge virale particulièrement élevée dans les excrétions nasales.
Parmi 20 patients ayant eu plusieurs échantillons prélevés simultanément, l'ARN viral a été détecté dans un seul échantillon chez 6 patients (sécrétions respiratoires, selles ou sang), tandis que 7 patients excrétaient du virus simultanément dans ces 3 sites
 
Conclusion : ces données suggèrent que l'infection par SARS-CoV-2 est rarement systémique et que la transmission par voie respiratoire et fécale explique la propagation rapide de la maladie. Ces données sont trop parcellaires et ne permettent pas de corréler les symptômes avec l'excrétion virale.
 
Dans une étude (4), réalisée à Shenzhen, en Chine, des échantillons de sang, d'urine, de salive, et provenant de l'oropharynx postérieur et des selles de 23 patients, ayant une infection COVID-19 confirmée, ont été analysés. La charge virale a été évaluée par RT-PCR (reverse transcriptase [[quantitative] polymerase chain reaction) et le taux d'anticorps contre SARS-CoV-2 par EIA (enzyme immunoassay).
Dans la salive de l'oropharynx postérieur et les autres prélèvements respiratoires, la charge virale était la plus élevée pendant la première semaine après le début des symptômes, puis elle a diminué. Un patient excrétait encore du virus 25 jours après le début des symptômes.
Chez 16 patients pour lesquels on disposait de prélèvements sanguins 14 jours ou plus après le début des symptômes, une séropositivité était présente chez 94 % d'entre eux pour les anti-NP (internal nucleoprotein) IgG (n = 15), 88 % pour les anti-NP IgM (n = 14), 100 % pour les anti-RBD (receptor binding domain) IgG (n = 16), et 94 % pour les anti-RBD IgM (n = 15). Les taux d'anti-SARS-CoV-2-NP ou d'anti-SARS-CoV-2-RBD IgG étaient corrélés avec la neutralisation virale.

Conclusion : le prélèvement de salive, geste non invasif acceptable, permet d'étudier la charge virale de SARS-CoV-2 maximale pendant la première semaine après le début des symptômes et incite à un contrôle strict de l'infection avec prise en charge rapide des patients à haut risque.

Une autre étude (5) a porté sur 16 patients traités à l'hôpital de Pékin, âgés de 3 à 68 ans et hospitalisés pour infection par le SARS-CoV-2  (fièvre : 87,5 % ; toux sèche : 68,8 % durant en moyenne 8 jours [6,25 à 11,5 jours]), parmi lesquels un malade avec ventilation assistée.
Ces patients ont été suivi jusqu'à négativation des prélèvements, y compris pendant la période d'isolement à domicile, pendant les deux semaines suivant la sortie de l'hôpital. Et, parmi les 16 patients de l'étude, 8 (50 %) sont restés positifs pour le SARS-CoV-2 même 8 jours après la disparition des symptômes.

Conclusion : les auteurs considèrent qu'il serait important de savoir pendant combien de temps après guérison clinique les patients restent "contagieux". Ils soulignent également que les patients de cette étude étaient modérément malades. On ignore la clairance virale en cas de maladies graves ou touchant des patients vulnérables, plus âgés ou avec un déficit immunitaire.

Les informations données sur le site de la DGS sont en accord avec ces résultats
Les informations fournies par la Direction générale de la Santé (DGS), résumées par la Société française de microbiologie (6), vont dans le même sens que ces données asiatiques.
La virémie est inconstante, très faible et de courte durée, exclusivement décrite dans les formes sévères (syndrome de détresse respiratoire aiguë). La virurie est inexistante. Le virus est peu présent dans les larmes. En revanche, la quantité de virus dans les voies aériennes supérieures et inférieures est très élevée, expliquant la propagation rapide de la maladie. De même, la quantité de virus dans les selles pouvant être élevée et le rester entre 1 à 12 jours suivant la négativité des prélèvements respiratoires, se pose le problème de la possible contamination oro-fécale.
Enfin, le SARS-CoV-2 semble absent dans les prélèvements de liquide amniotique, de sang du cordon et de lait maternel, chez les mères infectées par le virus. À suivre…

©vidal.fr

Pour en savoir plus
 

1- Ping Wu et al. Characteristics of Ocular Findings of Patients With Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) in Hubei Province, China. Publication avancée en ligne le 31 mars 2020. doi: 10.1001/jamaophthalmol.2020.1291

2- Ivan Yu Jun Seah et al Assessing Viral Shedding and Infectivity of Tears in Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Patients. American Academy of ophthalmology. 2020. doi :10.1016/j.ophtha.2020.03.026. https://www.aaojournal.org/article/S0161-6420(20)30311-0/pdf

3- Wenling Wang et al. Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens. Publication avancée en ligne le 2020. DOI: 10.1001/jama.2020.3786

4- To KK et al.Temporal profiles of viral load in posterior oropharyngeal saliva samples and serum antibody responses during infection by SARS-CoV-2: an observational cohort study.
Lancet Infect Dis. Publication avancée en ligne le 23 mars 2020. doi: 10.1016/S1473-3099(20)30196-1


5- De Chang et al. Time Kinetics of Viral Clearance and Resolution of Symptoms in Novel Coronavirus Infection. Am J Respir Crit Care Med. doi: 10.1164/rccm.202003-0524LE

6-Société française de microbiologie
https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2020/04/Fiche-COVID19_V5.0-6.4.20.pdf

Sources : VIDAL

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