Le port de lentilles constitue le facteur de risque principal des kératites microbiennes sévères, notamment à bacilles Gram- (Pseudomonas), champignons et surtout amibes. La prévention de ces infections repose sur un respect strict des mesures d'hygiène :
éviter tout contact des lentilles avec l'eau courante, y compris par l'intermédiaire de l'étui qui doit être lavé soigneusement, puis séché régulièrement. La prudence s'impose également lors des bains (piscine, mer, etc.) ou encore lors d'une simple douche ;
se laver et s'essuyer soigneusement les mains avant toute manipulation des lentilles et de leur étui ;
respecter strictement les temps de portage et les délais de renouvellement (propres à chaque type de lentilles) ;
ne pas échanger ses lentilles avec une autre personne (y compris les lentilles cosmétiques simples).
Les lentilles de contact ne doivent pas être portées pendant une infection oculaire, ni réutilisées (même neuves en cas de lentilles jetables) avant la guérison complète de celle-ci (après vérification par un ophtalmologue). S'il s'agit de lentilles réutilisables, elles doivent être décontaminées avant d'être reposées sur l'œil.
Les porteurs de lentilles doivent être prévenus qu'en cas de douleur, et/ou rougeur, et/ou baisse de la vision, ils doivent retirer au plus vite les lentilles (sans les jeter), et consulter dans les plus brefs délais un ophtalmologue auquel ils apporteront leurs lentilles, mais aussi le flacon de stockage et la solution d'entretien en cours (pour une analyse éventuelle).
Les conjonctivites infectieuses sont contagieuses : le patient et son entourage doivent veiller à se laver les mains soigneusement et régulièrement, à éviter les contacts proches et à utiliser du linge de toilette personnel.
Les lavages au sérum physiologique, comme l'administration de collyres ou pommades ophtalmiques, peuvent nécessiter l'aide d'une tierce personne.
Le patient doit ménager des moments de « calme » pour l'instillation de collyre (bien installé, paupière éloignée du globe oculaire pour préparer un espace de réception du collyre, etc.).
Respecter les modalités de conservation des collyres.
En cas d'association de collyres, un délai d'au moins 5 minutes doit être respecté entre les instillations afin d'optimiser l'efficacité de chaque collyre.