Des diarrhées sont observées au cours de 5 à 25 % des traitements antibiotiques. Elles sont habituellement légères à modérées et disparaissent à l'arrêt du traitement antibiotique. Les traitements préventifs ou curatifs par administration de bactéries non pathogènes susceptibles de rétablir l'équilibre de l'écosystème intestinal (probiotiques) n'ont jamais fait la preuve de leur efficacité.
Clostridium difficile est en cause dans 10 à 20 % des diarrhées provoquées par des antibiotiques. L'infection nosocomiale à Clostridium difficile a pris en France une certaine ampleur avec l'arrivée en mars 2006 de la souche 027, plus agressive, responsable de plusieurs cas groupés d'ICD. Entre 2006 et 2007, 515 cas ont été déclarés, sur 41 sites (principalement dans la région Nord-Pas de Calais). En 2009-2010, l'INVS a répertorié à l'échelon national 125 signalements totalisant 265 cas d'ICD, dans 83 établissements de santé de 41 départements. Le taux de décès est de 17 %. On observe une diminution progressive du nombre mensuel de signalements
Clostridium difficile est une bactérie anaérobie productrice de toxines à l'origine de colites pseudomembraneuses. Certaines infections à C. difficile (ICD) peuvent être fatales, principalement lorsqu'elles surviennent chez un sujet âgé ou fragilisé. La transmission nosocomiale de C. difficile est établie, et des mesures drastiques sont recommandées lorsque des cas surviennent, en milieu institutionnalisé principalement. Les ICD sont caractérisées par un risque de récidive (rechute ou réinfection) dans les deux mois pouvant atteindre 20 % à 30 % malgré un traitement antibiotique bien conduit. Ces rechutes sont liées à la persistance de la souche initiale ou à l'acquisition d'une nouvelle souche et sont favorisées par des facteurs de risque : âge supérieur à 65 ans, poursuite d'un traitement antibiotique autre que celui contre l'ICD, comorbidité sévère et insuffisance rénale, plus d'un épisode antérieur d'ICD, utilisation concomitante d'IPP, sévérité de la maladie initiale.
L'arrêt de l'antibiotique ayant favorisé l'infection à C. difficile est suffisant dans un quart des cas. Il est recommandé de s'abstenir de prescrire des ralentisseur du transit, si besoin d'assurer une rééquilibration électrolytique. L'antibiothérapie lors de la première l'infection à C. difficile est fonction de la gravité des symptômes. Sa durée est de 10 à 14 jours quelle que soit la molécule choisie. En cas de forme modérément sévère, le métronidazole per os (ou IV si nécessaire) en 1re intention sera mis en place avec comme alternatives, la vancomycine et, en particulier chez les sujets à risque de récidive, la fidaxomicine per os. En cas de forme d'emblée sévère, de contre-indication ou d'absence de réponse après un traitement de 3 à 5 jours de métronidazole ou de fidaxomicine, la vancomycine per os est proposée. Chez des patients à haut risque (ayant au moins l'une des caractéristiques suivantes : âge ≥ 65 ans, antécédent d'ICD au cours des 6 mois précédents, ICD sévère, immunodépression), le bezlotoxumab (en perfusion unique) peut être associé au traitement antibiotique pour réduire le risque de récidive.
Le traitement de la première récidive d'ICD est le même que celui du premier épisode : nouvelle cure de métronidazole per os en cas de réponse au métronidazole ou vancomycine per os si échec du métronidazole.
En cas de récurrence multiple (> 1 récidive), plusieurs schémas thérapeutiques peuvent être envisagés sur avis spécialisé : une antibiothérapie prolongée et intermittente de vancomycine pendant 6 à 8 semaines ; une transplantation de microbiote fécale à partir d'un donneur sain (qui a montré dans un essai randomisé une efficacité supérieure à la vancomycine avec ou sans lavage intestinal associé) ; l'administration de probiotiques (Lactobacillus GG, Saccharomyces boulardii) en association aux antibiotiques ; l'immunothérapie passive anti-toxines A et B (
actualisation des recommandations pour le traitement des infections à Clostridium difficile, ESCMID – SPILF, septembre 2016).