La plupart des confusions aiguës sont dues à une cause organique qu'il convient évidemment de dépister et traiter rapidement.
Les principales causes organiques sont les suivantes :
troubles métaboliques : hypoglycémie, hyponatrémie, hypernatrémie, déshydratation, hypercalcémie, déficit vitaminique B1, etc.,
intoxication à l'oxyde de carbone (chauffage défaillant),
syndrome infectieux : fièvre, etc.,
foyers infectieux : pneumopathies, etc.,
rétention urinaire, plus rarement fécalome,
affections neurologiques : accident vasculaire cérébral, épilepsie, tumeur cérébrale, méningite, hématome intracrânien, hémorragie cérébrale, etc.
D'autres étiologies sont plus rarement en cause : insuffisance rénale, hypothyroïdie, acidocétose diabétique, hyperosmolarité chez le diabétique, infarctus du myocarde, stress douloureux, traumatique, chirurgical, etc.